一般从蛋白质、基因组DNA和转录组RNA三个层面来辨别玉米是普通玉米还是转基因玉米，还有就是使用转基因检测纸条。
抗虫和抗除草剂是目前转基因技术应用主要集中的两个方面。对于玉米生产者来说，可减少农药的花费，减轻农民劳动量，对于消费者来说可以用更低的价格吃到玉米。转基因技术主要用在生死攸关的大事儿上，“转”进去的外源基因既不参与玉米外形的发育，也不参与玉米颜色物质的合成，故转基因玉米从外观上与非转基因玉米别无二致，无法简单地通过视觉予以分辨。
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