真核生物的结构基因是不连续的，在编码序列之间的序列称为内含子，被分隔开的编码序列称为外显子。外显子和内含子构成结构基因，在转录时被一起转录下来，内含子随后被切除。内含子并不是一些无用的序列，其中含有许多调控信息，甚至含有增强子。在选择剪接时，有些内含子会有一部分保留在成熟的mRNA中，就成了外显子。
真核基因外显子与内含子以外的部分，包括启动子、上游启动子元件、增强子、加尾信号和一些反应元件等，它们被统称为顺式调控元件或称顺式作用元件，即指那些与结构基因表达调控相关、能够被基因调控蛋白特异性识别和结合的DNA序列。一些蛋白质因子可通过结合顺式作用元件而调节基因转录活性，这些蛋白质因子称为反式作用因子。
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