因为食品技术的发展，转基因食品对很多人来说，已经不是什么新鲜的名词了，可是，转基因食品对人身体的危害性，却几乎没被彻底否定过。下面是一些食品安全专家总结的转基因食品危害问题，我们来了解一下。
一、毒性问题
2002年英国研究称，食用转基因大豆制成的汉堡后，在排出的粪便中仍然含有转基因DNA成分，表明抗除草剂基因可存在于肠道细菌内并没有被完全消化。一旦这种具有某种抗性的转基因移至人体细胞，则可能在其指导下合成毒性蛋白。
二、免疫力问题
1998年8月，英国科学家发现老鼠食用转基因马铃薯后，引起免疫系统破坏。该消息的发布使各国如日中天的转基因生物热潮蒙上阴影，转基因生物安全性问题引人关注。英国王储查尔斯怀疑食用转基因食品会产生预期不到的中毒或过敏，并说：“人类企图插足某种神圣的领域，我绝不打算让家人和朋友食用转基因食品。”王储的言论在英国引起轩然大波，并波及全世界。麦当劳、汉堡王、品客等众多食品公司都抵制转基因马铃薯，美国市场普遍不接受转基因马铃薯，2001年孟山都公司被迫放弃在美国市场上销售转基因马铃薯的计划。
三、过敏性反应问题
过敏原一旦进入食物，就将成为危害或隐患，GMO过敏原对儿童和婴儿危险很大，成年人中食品过敏发病率为1%—2%，而儿童则上升为6%—9%。
1996年发现美国国际先锋公司转巴西坚果基因的大豆能引起人过敏，在转花生基因的作物中也有过敏的现象。
四、抗药性问题
在转基因过程中，GMO的标记基因是抗生素抗性基因。如今，在转基因作物中有几种用卡那霉素抗性基因作为标记基因的试验，这种基因只要有单一突变就可产生氨基丁卡那霉素抗性，而氨基丁卡那霉素被认为是人类医药中的“保留”或“急救”抗生素，是国际医药界储备的应急“救危”药物，而现在却为GMO捷足先登，并滥用于多种GMO作为标记基因，广泛在环境中释放，在各种动物机体内产生抗性。氨基丁卡那霉素还未被世界医药界启用，而仅作为储备急救之用，而GMO的滥用抗生素使得其抗性广为传布，这是无法接受的风险，因为这意味着对人类的疾病是灾难性的，很可能今后一旦患病将无药可用。
五、有益成分问题
英国伦理与毒性中心的实验报告称，与一般天然大豆相比，在两种耐除锈剂或抗除草剂的转基因大豆中具有防癌功能的异黄酮成分分别减少了12%和14%。GMO中插入外源性目的基因改变了生物自身原有的复杂生物化学路径，改变了原有的新陈代谢，其生化作用的结果很难预料，还可能受环境条件变化的影响而导致变异。